医疗行业申请高新技术企业认定时难点主要在于架构和业务模式问题。具体来看，医疗企业在申请高新技术企业认定时普遍面临以下五个方面的疑难点，并给出基本解决思路供大家参考。
①医疗行业的公司，如何在架构设计和业务模式上进行涉税策划，以充分适用国家的各项税收优惠政策？通过架构调整，总部通过技术研发掌握核心知识产权，对外输出技术和教育理念，收取技术使用费，享受技术转让增值税免税和企业所得税减免税优惠。
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②医疗行业的哪些活动属于研发活动，研发项目如何界定比较合理？为了提高产品疗效和性能开展的科技公关，为了研发新的医疗设备开展的科技公关，均可确认为研发活动。研发项目根据上述研发活动进行确认。
③医疗行业申请高新技术企业，应选择哪些知识产权比较合适？如何证明科技成果已经转化？发明、实用新型、软件著作权均可。合同签订时，尽可能在合同中体现知识产权的具体运用
④医疗行业销售产品，当毛利率较高时，如何合理策划以降低企业税负？可以考虑在税收洼地设立个独或合伙企业，通过洼地企业采购原料后再高价销售给本公司。利润留在洼地，个独或合伙企业没有企业所得税，投资人在洼地享受个人所得税核定优惠。
⑤医疗行业佣金支付较高，又无法正常取得发票，如何合理策划才能降低涉税风险？可考虑灵活用工解决；收入特别高的个人，可考虑通过个独解决。
以上就是医疗行业在申请高新技术企业认定时会碰到的难点，更多相信问题您可以资讯汇智兴泰知识产权，我们将安排专业的代理人员为您解答，联系电话400-8693660