商标授权确权案件中，当事人往往十分关注诉争商标实体问题。其实，商标授权确权行为作为一种行政行为，其程序问题亦不容小觑。正当程序原则是行政机关合法行政、保护行政相对人权益所应遵守的基本原则。那么，在此类案件中商标申请人或权利人应如何维护自身的程序性权利？
一、作为商标申请人或权利人
对于商标申请人或权利人来说，如何主张自己的程序性权利，进而更好地保护自身合法权益，应注意以下三个方面：
首先，应当重视程序问题。如前所述，商标授权确权行为实质上属于行政机关依行政相对人申请作出的具体行政行为，程序正当原则是行政法的基本原则，亦是依法行政的基本要求。因此，程序上若严重违反法定程序会导致商标行政机关所作的被诉裁定被撤销。比如案例三中的情况。
其次，应当注意区分程序瑕疵、程序轻微违法和程序违法。从上述三个案例中，可以看出当事人的有些程序主张得到了法院的支持，而有些则没有。其原因在于，程序违法与程序轻微违法的法律后果是不一样的。
行政诉讼法第七十条第（三）项规定：行政行为违反法定程序的，法院判决撤销或者部分撤销，并可以判决被告重新作出行政行为。
行政诉讼法第七十四条第一款第（二）项规定：行政行为程序轻微违法，但对原告权利不产生实际影响的，法院判决确认违法，但不撤销行政行为。
最后，可以从是否符合程序正当原则方面进行适当说明。商标授权确权案件应当遵循的程序虽在《商标法》及《商标法实施条例》中有所规定，但商标行政的实践千姿百态、事无巨细、不一而足。
在法律没有具体规定的地方，法院会运用行政法中的程序正当原则进行判断。因此，当事人可以从商标行政机关的相应行为是否符合行政程序正当原则方面进行说理，以增加自己的程序主张获得法院支持的机率。
二、作为商标行政机关
在商标申请量持续高位运行的情况下，作为商标行政机关应当兼顾公正与效率，既注重维护商标申请人或权利人的实体权利，又注重保障其相应的程序权利，使公正、高效的商标行政行为以行政相对人“看得见”的方式实现。