流程分为三步：
第一步：通过所在国家或地区知识产权局提交申请
在提交国际申请前，必须首先在您所在国家或地区的知识产权局取得注册或提交申请。然后需要通过该局提交国际申请，该局将为您的申请提供证明，并交至WIPO。
第二步：由WIPO进行形式审查
WIPO对您的国际申请进行形式审查。一旦审查通过，商标将在国际注册簿中登记，并在《WIPO国际商标公告》上公布。WIPO接下来将发给您一份国际注册证，并通知您在国际注册中指定、希望自己的商标得到保护的所有区域的各个知识产权局。
第三步：由所指定的国家或地区知识产权局进行实质审查
申请保护区域的知识产权局将根据其法律对您的商标进行评估，并在12或18个月内就商标能否在其区域内得到保护作出决定。WIPO将把各局的决定在国际注册簿上登记，然后向您发出通知。如果一个知识产权局拒绝保护您的商标，无论是部分拒绝还是全部拒绝，都不会影响其他局的决定。而且，您可以直接向有关的局陈述自己的理由。如果知识产权局最后同意保护您的商标，将向您颁发给予保护的声明。
商标国际注册有效期十年。每个十年期即将届满时，可以进行续展注册。